5. Comprendre les processus écologiques, évolutifs et sociaux à l’origine des zoonoses

Le nombre d'épisodes épidémiques ne cesse d'augmenter depuis cinquante ans. Parmi les agents infectieux responsables de ces épidémies, certains, d'origine animale, entraînent des épidémies chez l'humain. On parle alors de zoonoses. La crise sanitaire de la Covid-19 a été l'occasion de mettre en avant les recherches sur ces zoonoses et l'analyse des causes profondes de leurs émergences. Les liens entre biodiversité et zoonoses sont complexes. Par exemple, il est établi que le risque d'émergence zoonotique est important dans les régions de forêts tropicales, présentant une diversité élevée de mammifères, car celle-ci est elle même associée à une forte diversité de micro-organismes (pathogènes ou non). Il est également démontré que l'accroissement du risque zoonotique est lié à l'érosion de la biodiversité induite par les pressions anthropiques. Pour ces régions à forte biodiversité, le risque zoonotique est modulé par différents facteurs anthropiques (destruction et fragmentation des habitats, en particulier forestiers), pollutions, stress affectant les processus écologiques (réduction des régulations biologiques par prédation ou compétition), épidémiologiques (effets de dilution/amplification associés à la perturbation/réorganisation des communautés d'hôtes), évolutifs (rupture des liens co-évolutifs entre hôtes et pathogènes, érosion de la diversité génétique des populations et diminution du potentiel adaptatif face à de nouvelles infections) et sociaux (changements comportementaux, espèces sauvages synanthropiques, c'est-à-dire vivant aux côtés des humains). Des consensus se dégagent sur ces éléments mais les mécanismes liant les niveaux de diversité des hôtes, des micro-organismes dont les pathogènes, la prévalence de ceux-ci chez leurs hôtes et les risques de zoonoses doivent être étudiées plus en détails. Des connaissances restent donc à acquérir pour évaluer les conséquences, et en particulier les bénéfices, sanitaires de différentes stratégies de protection de la biodiversité sur les risques et les dynamiques des zoonoses.